通化十三中分校建校于2005年，其前身是通化鐵路第二中學，目前的校長是付葛。校內現教學大樓于2006年建成，使用面積3520平方米，占地面積8500平方米。內部設有物理、化學、生物實驗室和圖書室、閱覽室、心理咨詢室、教職員工活動室、音樂教室、美術教室、微機室、電子備課室、多功能室等設施。操場上聯合器械、體育器械齊全。